Аналоговый сигнал от гамма-камеры преобразуется в цифровой и хранится в памяти компьютера или на носителе информации. Для регистрации, анализа и графического представления данных изотопных исследований разработаны специальные компьютерные программы. В них предусмотрена настройка разрешающей способности, интервалов между получением изображения, длительности исследования и общего количества информации. Например, при статической сцинтиграфии почек изображение коркового вещества получают, когда активность изотопа доходит до определенной величины, а при динамической сцинтиграфии — через равные промежутки времени независимо от его активности. Компьютерная обработка данных позволяет выбрать область исследования и по-разному представлять полученные данные — в виде графиков (ренографических кривых), таблиц или сцинтиграмм, которые при необходимости распечатывают на бумаге. Существуют программы, которые с использованием дифференциальных уравнений определяют скорость выведения изотопов из различных органов. Такие программы используются для измерения СКФ с помощью 99т Тс-ДТПА и почечного плазмотока с помощью 99т Тс-мертиатида. Компьютерная обработка данных особенно важна при однофотонной эмиссионной томографии. Компьютерные программы позволяют регулировать угол сдвига датчиков, промежуток времени, достаточный для сканирования каждого слоя, и число слоев. Затем после обработки полученных данных компьютер реконструирует объемное или плоское изображение.
Чтобы изотопное исследование было максимально информативным, специалист по лучевой диагностике должен выбирать вид исследования, радиофармацевтический препарат и вариант компьютерной обработки данных вместе с лечащим врачом.